Saison 2

Jax et Xander, qui travaillent désormais tous deux pour les services de renseignement de la Confédération terrestre, traquent la fugitive Tierney et découvrent qu'elle recherche une arme destructrice qui peut potentiellement détruire l'univers entier.

Jax, Xander, Ralen et Matta suivent la mère de Jax, Eve et Tierney, jusqu'à une planète lointaine, dans l'espace inexploré du système Horatius. À leur arrivée sur le Monde de Clayton, ils découvrent l'un des vaisseaux de l'Arche, le Clayton, qui faisait partie de la Grande Migration venue de la Terre 150 ans plus tôt. Sur la planète, ils découvrent les origines des premiers voyageurs, mais se retrouvent dans le collimateur de leur étrange secte religieuse. Le petit groupe découvre bientôt que la secte est prête à tout pour maintenir son ordre sinistre. Pendant ce temps, de retour à l'Académie de Formation de la Flotte Earthcom sur Terre, après avoir reçu une seconde chance, Jett commence à semer la zizanie, mais finit par mettre à rude épreuve ses relations, notamment avec Zazie. Des secrets sont révélés par Eve et Jett.